비스트 가디언이 되어 동박사 일당을 물리친 소년 태후, 루이, 석우 앞에 새로운 악의 세력이 등장한다. 그들은 바로 베일에 싸여진 악당, 블랙마스크! 그리고 외계의 첨단 기술로 만들어진 야수봇들! 이에 GM 본부에서도 공룡의 애니마 매트릭스로 만든 새로운 지오메카, 티라노투스, 스테고탱크, 프테라스톰으로 이들과 대적한다. 어느날, 또다른 비스트가디언인 장군과 지오메카인 브라키오캐논도 합류하면서 GM 본부는 더욱 더 활기를 띠게 되는데... 하지만, 날이 갈수록 더욱 더 강력해지는 블랙마스크의 야수봇들! 이제 GM 본부의 마지막 희망, 지오메카 캡틴다이노의 활약이 펼쳐진다!​