팔콘 관측소에서 천문학자로 일하는 남매 앨리슨과 헨리는 화성인의 지구 공격 가능성 자료를 입수하지만 화성에서 발사한 삼각대 괴물이 뉴욕시 전체를 파괴할 때까지 아무도 그들의 주장을 믿지 않는다. 사람들은 화성인의 공격으로 잿더미에 휩싸인 도시를 벗어나려 필사적으로 노력한다. 앨리슨과 헨리는 화성인들은 지구의 특정 감염균에 면역력이 없다는 사실을 밝혀낸다. 화성인들이 지구 환경을 화성처럼 바꿔 서식지로 삼기 전에 남매 학자는 침략한 화성인을 감염시켜 물리칠 방법을 찾아내야 하는데....